可是，美好的日总是短暂的。当孩满月后，索菲亚带着儿回到莫斯科的克里姆林宫，这时发现宫中的情形发生了很大的变化，而这个变化却被她的继母皇太后纳雷什金娜隐瞒了----原来她的沙皇弟弟费奥多尔三世在前两个月病情复发，生命垂危----纳雷什金娜便利用索菲亚远在猎宫的机会开始为自己的儿运筹起来，也就是为索菲亚同父异母的兄弟彼得即位当沙皇进行活动。谁知，索菲亚竟然会这么快便带着孩回到莫斯科。
索菲娅公主是沙皇阿列克谢一世的女儿。阿列克谢一世女众多，奇怪的是，儿个个体质虚弱，女儿却都身体健康。他的头5个儿中，3个早夭，太费奥多尔患有“坏血症”，小皇伊凡不仅体弱，智力也远逊于他人。所幸的是，续娶的新皇后纳雷什金娜给老沙皇生了个健康的儿，取名彼得。
费奥多尔三世----费奥多尔?阿列克谢耶维奇?罗曼诺夫，沙皇阿列克谢的第三个儿，他的母亲是玛丽娅?米洛斯拉夫斯卡娅。费奥多尔的两个哥哥均早年夭折，费奥尔多遂被立为皇储。费奥多尔自幼多病，患有坏血症，体质衰弱，就连行走也需要侍从的搀扶，有时病重卧床，经常半年不离病榻。但是就是在这个体弱多病的沙皇统治期间，发生了很多对俄罗斯具有开创性的事件，成为俄罗斯历史发展中的一个重要时期。
费奥多尔自由受到良好教育，在勤奋博学的父亲的影响下，他喜欢读书，继承了父亲遗留下来的大量藏书。沙皇阿列克谢结合自身的成长经历，为费奥多尔和他的姐姐索菲娅请来了当时最著名的学者西蒙?波洛茨基担任老师。波洛茨基兼神父，集作家，神学家，诗人和翻译家于一身，是俄罗斯十七世纪启蒙运动和神学拉丁化的倡导人之一。
在波洛茨基的影响下，受到欧式教育的费奥多尔思想开明，意识超前，能够流利地讲波兰语、拉丁语，还通晓古希腊文。他喜爱音乐，此外在诗歌方面也有一定造诣。尽管体弱多病，骑马射箭是费奥多尔喜爱的体育运动。
沙皇阿列克谢病逝，在沙皇逝世当天，朝中群臣就在米洛斯拉夫斯基大公的主持下，向皇储费奥多尔宣誓效忠，拥戴他登基加冕。
米洛斯拉夫斯基家族如此匆忙拥戴年仅15岁的少年沙皇登基是缘于对发生政变的担心。沙皇阿列克谢的后妻代表的纳雷什金家族果真暗中在准备政变，他们计划将米洛斯拉夫斯基家族一网打尽，逼迫费奥尔多任命后母纳雷什金娜担任摄政王，总揽朝中大权。纳雷什金家族的阴谋被识破后，家族多名成员遭到流放，但纳雷什金娜贵为皇后，得以幸免，被留在莫斯科，纳雷什金娜和沙皇阿列克谢的幼彼得的皇身份未变，在宫中所受奉养依旧。
费奥多尔亲政后，在米洛斯拉夫斯基大公、御前侍臣亚济科夫、利哈乔夫等人的支持下，按照瓦西里?戈利津大公制定的方案，着手推行了一系列经济、行政、司法、金融、军事、宗教和教育改革。费奥多尔的改革措施为俄罗斯的现代化奠定了基础，为日后彼得一世的改革提供了参照样板。
在对外贸易方面，费奥多尔三世决定开辟对外开放口岸，同外国商人进行贸易的地点定在普季夫利城。紧接着他又开始解决土地问题，下令各地领主和地主们要明确划分土地，在领地之间确立明确界线，同时各领主、地主所拥有的农奴和雇农数量要明确上报中央。此外废除了各地繁琐的行政机构，简化行政手续，下令烧毁了所有贵族家中保存的职官录，用家谱来代替原有的职官录，实际上是废除了以出身定官爵的做法。